2006
В начале 2006 года на базе второй команды альянса «Сатурн», родился ФК «ХЕЛС». Коллектив состоял из «старых» и «новых» хелсов – для одних это была прекрасная возможность проявить себя в новой команде, а для других – возможность «тряхнуть стариной», подтянуть спортивную форму, и приятно провести время в компании старых друзей.
Команда была создана для участия в Чемпионате Христианской футбольной лиги (ХФЛ). Как и подобает новичку – начинать пришлось все с нуля, и свой первый сезон ФК «Хелс» провел в Группе «А» Второй лиги чемпионата ХФЛ.
Свою первую игру ФК «ХЕЛС» провел 11 марта 2006 года.
Оправдав неожиданный для себя статус одного из фаворитов турнира, Хелсы долгое время шли во главе турнирной таблицы. Надо отметить, что игрокам впервые довелось столкнуться со столь ужасным состоянием поля на протяжении всего марафонского игрового сезона (60 туров): благодаря плохой погоде, покрытием поля служили то лужи на льду, то лужи в грязи.
Именно это в конечном счете повлияло на итоговое положение команды в турнирной таблице: отсутствие основных игроков в ключевых играх во второй половине сезона привело к тому, что команда закончила турнир на третьем месте. Однако, в любом случае, эта бронза стала первым достижением ФК «ХЕЛС», и позволила клубу в 2007 году подняться в Первую лигу ХФЛ.

2007
Новый сезон в Первой лиге ХФЛ начался со скандальной игры с действующим чемпионом и соперником еще по Второй лиге – «Чайкой». В результате неадекватного судейства, хамского поведения некоторых игроков соперника, и 2-х обоюдных удалений, Хелсы потерпели поражение уже в первом туре турнира. Эта неприятная ситуация сильно сказалась на последующих играх, так как ряд игроков отказался принимать участие в турнире с подобным судейством.
Организаторам клуба пришлось буквально набирать новую команду на каждый последующий тур, в результате чего за 30 туров в команде сыграло более 60 человек. Это не могло ни отобразится на турнирном положении клуба, который за весь чемпионат не поднимался выше 12-го места.
Переломный момент наступил в последней трети чемпионата, когда руководством команды было принято решение отказаться от привлечения «легионеров» со стороны, и играть единым составом – каким бы он ни был. С этого момента, по сути началась новая история ФК «ХЕЛС», костяк которого составили несколько альянса, и пришедшие в 2007 году молодые ребята.
Концовку чемпионата команда провела на высоком уровне, не проиграв ни в одном из последних 6 матчей чемпионата, а также лишив чемпионства боровшуюся за него «Чайку», обыграв ее в очном противостоянии, тем самым отомстив за незаслуженное поражение в первом туре.